對于企業(yè)合并和分立，目前國家稅務(wù)局沒有專門的文件來明確個人所得稅的繳納問題。但在企業(yè)重組文件國家稅務(wù)總局公告2015年第48號第一條第二款中明確，“在企業(yè)重組交易中，股權(quán)收購中轉(zhuǎn)讓方、合并中被合并企業(yè)股東和分立中被分立企業(yè)股東，可以是自然人。當(dāng)事各方中的自然人應(yīng)按個人所得稅的相關(guān)規(guī)定進(jìn)行稅務(wù)處理。”

在企業(yè)吸收合并過程中，不論被合并方股東取得股權(quán)支付，還是非股權(quán)支付，都是支付的一種方式。在該過程中就需要視同先清算被合并公司，再進(jìn)行分配。個人計算清算所得，然后再以清算所得和初始投資成本進(jìn)行再投資的行為。按照財稅〔2009〕60號規(guī)定進(jìn)行清算，股東分得的剩余資產(chǎn)扣除投資成本后的余額，按照“利息、股息、紅利所得”項(xiàng)目計算征收個人所得稅。

舉例：A公司和張三共同投資成立了B公司和C公司，股權(quán)比例分別為80%，20%的股權(quán)，按照出資比例分紅。C公司賬面凈資產(chǎn)3500萬，其中實(shí)收資本1000萬，資本公積500萬，盈余公積800萬，未分配利潤1200萬。C公司凈資產(chǎn)的公允價值4500萬。現(xiàn)由于戰(zhàn)略調(diào)整，B公司需要吸收合并C公司，且不支付任何現(xiàn)金對價。

本案例中，張三應(yīng)納稅所得額=[(800+1200+500+1000)+(4500-3500)-1000]*20%=700萬元。應(yīng)納個人所得稅=700*20%=140萬元。同時，張三增加對B公司的股權(quán)計算基礎(chǔ)為700萬元，加上初始投資200萬元(1000萬*20%)，共計900萬元，作為下一次股權(quán)轉(zhuǎn)讓成本扣除基數(shù)。

這里尤其要注意的是：在吸收合并環(huán)節(jié)的留存收益已“視同”分配計算繳納了個人所得稅，按照“稅不重征”的原則，在合并方實(shí)際分配給個人相應(yīng)金額的利息、股息、紅利時，不能再次征收個人所得稅。

在吸收合并過程中，因?yàn)槭枪蓹?quán)支付，對自然人來說取得的是非貨幣性資產(chǎn)，我們也可以看作是個人以非貨幣性資產(chǎn)向合并企業(yè)進(jìn)行投資，根據(jù)《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于個人非貨幣性資產(chǎn)投資有關(guān)個人所得稅政策的通知》(財稅〔2015〕41號)文的規(guī)定，對于一次性繳稅有困難的，可合理確定分期繳納計劃并報主管稅務(wù)機(jī)關(guān)備案后，自發(fā)生上述應(yīng)稅行為之日起不超過5個公歷年度內(nèi)(含)分期繳納個人所得稅。則對于張三來說，可向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報備，制定5年分期繳納計劃，享受5年遞延納稅優(yōu)惠。